Премия «Национальный бестселлер» (Нацбест) была учреждена в 2001 году издателем и литератором Константином Тублиным и литературным критиком и переводчиком Виктором Топоровым. Учредителем премии выступает фонд «Национальный бестселлер», образованный физическими лицами и привлекающий в порядке пожертвований средства как юридических, так и физических лиц (но только не из государственных источников).
На первом этапе выдвижения Оргкомитет формирует список номинаторов из числа видных представителей книжного мира — издателей, критиков, писателей, поэтов, журналистов. Число номинаторов не фиксировано. Каждый из них выбирает по одному произведению, созданному на русском языке, вышедшему в отчётном году и существующем в виде рукописи. Таким образом формируется длинный список.
За Оргкомитетом сохраняется право исключать произведения, которые уже засветились в шорт-листах других крупных литературных премий и тем более снискали победу в одной из них. Кроме того, Оргкомитетом премии было принято решение отклонять произведения, написанные в жанре «ЖЗЛ» — то есть биографий как исторических персонажей, так и ныне здравствующих людей. Решение это было принято на основании того факта, что жизнеописания известных людей, конкурируя с художественными произведениями, чаще всего одерживают в этой борьбе победу.
На втором этапе Оргкомитетом формируется список Большого жюри (около 20 человек), который состоит из литературных критиков разных направлений. Члены Большого жюри выбирают из всего прочитанного по 2 произведения и выставляют оценки: 3 балла за первое место, 1 за второе. Оценка выставляется единолично и коллективно не обсуждается. Члены Большого жюри сопровождают оба выбранных произведения личной аннотацией в три-четыре тысячи печатных знаков. Кроме того, они пишут краткое резюме по каждому из прочитанных ими произведений из номинационного списка (от 1000 печатных знаков). Результаты отбора публикуются, с указанием того, кто и как проголосовал. Произведения набравшие наибольшее количество баллов образуют «короткий список».
На третьем этапе Малое жюри, формируемое Оргкомитетом и состоящее уже не столько из профессиональных писателей, сколько из просвещённых читателей, авторитетных деятелей искусства, политики и бизнеса, — делает выбор из произведений «короткого списка». Голосование происходит во время процедуры присуждения премии, как правило, в последнюю пятницу мая в Санкт-Петербурге. В случае, если за два произведения участниками Малого жюри подано одинаковое количество голосов, право определить победителя предоставляется Почётному председателю Малого жюри. Почетным председателем Малого жюри становится по приглашению Оргкомитета общественный или политический деятель, не связанный с литературой напрямую.